Michalovi se po smrti maminky převrátí život naruby. Naštěstí má svého kamaráda, svérázného Viléma, který za všech okolností stojí při něm. Michalovi zbyde dům, naspořené peníze a starosti, jak naložit s nově nabytou zodpovědností. A aby toho nebylo málo, objevuje tajemství, které na jeho maminku vrhá zcela nové světlo a postupně promění i Michala samotného. Loď skřítků je příběh obyčejných lidí z obyčejné jihočeské vesnice s jejich trápením i radostmi, kteří se při cestě k dospělosti vydají až za oceán. Vypráví o zdánlivě prostých věcech, které jsou ale možná nakonec těmi nejpodstatnějšími.